Todavía hay información limitada sobre la estructura genómica y la diversidad genética de los cerdos africanos. Los estudios de diversidad genética pueden contribuir significativamente a la mejora genética y conservación de los cerdos africanos. Este estudio presenta un análisis de diversidad genética y estructura poblacional de razas de cerdos en Ghana, con un enfoque en el cerdo enano Ashanti (ADP), una raza de cerdo indígena de Ghana. Se muestrearon un total de 167 cerdos en Ghana, que consisten en cerdos enanos Ashanti (n = 106), exóticos (principalmente cerdos europeos) (n = 11), cruces (entre razas indígenas y exóticas) (n = 44) y razas desconocidas (indescriptibles) (n = 6), que fueron genotipados utilizando Porcine SNP60K BeadChip. Se observaron niveles moderados de heterocigosidad, que varían de 0.28 para los cerdos enanos Ashanti a 0.31 para los cerdos exóticos (principalmente cerdos europeos). El análisis de componentes principales de las poblaciones de cerdos dentro de Ghana resultó en dos clústeres distintos de cerdos: (i) clústeres regionales del norte y (ii) del sur. El PCA basado en la raza también resultó en cuatro clústeres: (i) ADPs; (ii) exóticos; (iii) cruces entre ADP y exóticos; (iv) tipos de razas desconocidas. El PCA demostró que el agrupamiento fue influenciado por la genética, la ubicación geográfica, los sistemas de producción y las prácticas. El análisis basado en ADMIXTURE también mostró que las poblaciones dentro de Ghana están mezcladas. El análisis de ST reveló SNPs asociados con QTLs para rasgos como la resistencia a enfermedades y el crecimiento entre las poblaciones de ADP dentro de las diferentes zonas regionales y ecológicas de Ghana.