La mayoría de los estudios sobre la microbiota intestinal de los herbívoros se basan únicamente en muestras fecales, sin capturar las comunidades microbianas únicas en los diferentes segmentos del sistema digestivo. En este estudio, examinamos todo el tracto gastrointestinal de un ciervo de cola de pincel salvaje, un pequeño rumiante en peligro de extinción. Medimos el grosor de las capas musculares circulares y longitudinales del intestino y perfilamos las comunidades bacterianas y fúngicas en cada segmento utilizando secuenciación de 16S rRNA e ITS. Encontramos que el estómago tenía las capas musculares más gruesas entre todas las regiones gastrointestinales. Además, los tipos y abundancias de bacterias y hongos variaron significativamente entre los diferentes segmentos intestinales: Firmicutes y Bacteroidota dominaron la comunidad bacteriana, mientras que Ascomycota fue el filo fúngico más abundante en general. Estos hallazgos proporcionan datos descriptivos básicos sobre la morfología gastrointestinal (enfocándose en las capas musculares) y la microbiota intestinal de esta especie en peligro de extinción, complementando el conocimiento existente que se basa principalmente en muestras fecales.