Ante la reducción y segregación del hábitat, la supervivencia de los gatos salvajes parece sombría. Interpretar su estructura genética poblacional durante la fragmentación del hábitat es fundamental para planificar estrategias de gestión efectivas. Para revelar los efectos de la segregación de la construcción de carreteras y los asentamientos humanos en la estructura genética poblacional, analizamos muestras de ADN fecal no invasivas de gatos leopardo de cinco reservas naturales en áreas montañosas alrededor de Pekín. Nos centramos en marcadores de microsatélites. Se identificaron un total de 112 gatos leopardo individuales entre 601 muestras de heces, y se detectó una diversidad genética poblacional moderada. La diferenciación genética basada en marcadores de microsatélites (Fst) y el flujo génico (Nm) mostraron una tendencia débil hacia discrepancias en las subpoblaciones de Baihuashan y Songshan, lo que indicó efectos de fragmentación del hábitat en la dispersión individual. Debido a que las subpoblaciones segregadas pueden sufrir un alto riesgo de pérdida de diversidad genética, sugerimos que se monitoree su estructura genética con más marcadores moleculares para detectar cualquier cambio, y que se introduzcan artificialmente individuos femeninos según sea necesario para mantener la viabilidad de las subpoblaciones de gatos leopardo en Pekín.