Hay cinco razas de gallinas indígenas en la provincia de Henan, China. Estas razas tienen sus propias características fenotípicas únicas en términos de morfología, comportamiento, color de piel y plumas, y rendimiento productivo, pero su base genética no se comprende bien. Por lo tanto, analizamos la estructura genética, la diversidad genómica y la historia de migración de las poblaciones de gallinas indígenas de Henan, así como las señales de selección y los genes responsables de los fenotipos únicos del gallo de pelea de Henan utilizando la resecuenciación del genoma completo. Los resultados indican que las gallinas nativas de Henan se agruparon más estrechamente con las poblaciones de gallinas de provincias vecinas. En comparación con otras razas, la endogamia y la intensidad de selección del gallo de pelea de Henan fueron más estrictas. El análisis de TreeMix reveló el flujo genético de razas de gallinas del sur hacia la gallina sanhuang de Zhengyang y de la gallina de hueso negro de Xichuan hacia la gallina Gushi. El análisis de barrido selectivo identificó varios genes y procesos/patologías biológicas que estaban relacionados con el tamaño corporal, el control de la cabeza, el desarrollo muscular, la reproducción y el control de la agresión. Además, confirmamos la asociación entre los genotipos de SNPs en el gen de fuerte selección y el tamaño corporal y el desarrollo muscular en la población de recursos F2 Gushi-Anka. Estos hallazgos facilitaron la comprensión de los rasgos del germoplasma y el potencial de uso de la gallina indígena de Henan.