La oca es una especie de ave de corral de importancia económica y fue una de las primeras en ser domesticadas. Sin embargo, los estudios sobre las estructuras genéticas poblacionales y la domesticación en las ocas son muy limitados. Aquí, realizamos la resecuenciación del genoma completo de ocas de dos poblaciones ancestrales salvajes, cinco razas domésticas chinas y cuatro razas domésticas europeas. Encontramos que las ocas domésticas chinas, excepto las ocas Yili, se originaron de un ancestro común y exhibieron patrones de distribución geográfica y diferenciación de rasgos muy marcados, mientras que el origen de las ocas domésticas europeas fue más complejo, con dos razas modernas que presentaban mezcla china. En ambas, las ocas domésticas chinas y europeas, las firmas de selección identificadas durante la domesticación involucraron principalmente el sistema nervioso, la inmunidad y el metabolismo. Curiosamente, también se encontraron genes relacionados con la visión, el esqueleto y el transporte de O2 en sangre que estaban bajo selección, lo que indica una adaptación genética al entorno cautivo. Un knob en la frente caracterizado por piel engrosada y hueso protruyente es un rasgo único de las ocas domésticas chinas. Interesantemente, nuestro análisis de diferenciación poblacional seguido de un análisis de genotipo extendido en una población adicional sugirió que dos SNPs intrónicos en un gen relacionado con osteocondroma podrían ser sitios responsables del knob. Además, se encontraron genes que estaban significativamente asociados con la incubación en las ocas domésticas chinas y europeas, respectivamente. Nuestros resultados tienen importantes implicaciones para entender la estructura poblacional y la domesticación de las ocas, y las firmas de selección y variantes identificadas en este estudio podrían ser útiles en la cría genética para rasgos de knob en la frente y reproducción.