A pesar de tener una estructura generalmente conservada, los datos del genoma de cloroplastos han sido útiles para la genética de poblaciones de plantas y la investigación en evolución. Para explorar la arquitectura de variación del genoma de cloroplastos y la filogenia, investigamos la arquitectura de variación de cloroplastos de 104 accesiones de toda China. El genoma de cloroplastos mostró altos niveles de diversidad, con 1674 variaciones, incluyendo 1118 polimorfismos de un solo nucleótido y 556 indels. Los espaciadores intergénicos, psbZ-trnS y ccsA-ndhD, son las dos regiones de mutación más activas en el genoma de cloroplastos. El análisis filogenético basado en el conjunto de datos del genoma de cloroplastos apoyó cuatro clados. Las variaciones fueron conservadas entre y dentro de los clados, lo que mostró altos niveles de flujo génico. Se estimó que la mayoría de los clados se habían divergido hace entre 3.82 y 5.17 millones de años. Además, el monzón de verano del este asiático y el monzón de verano del sur asiático pueden haber acelerado la divergencia poblacional. Nuestros resultados muestran que las secuencias del genoma de cloroplastos eran altamente variables y pueden ser utilizadas como marcadores moleculares para evaluar la variación genética y las relaciones en .