A pesar de la importancia del trigo de invierno en los países de Asia Central, hay informes limitados que describen su diversidad dentro de esta región. En este estudio, se compararon las estructuras poblacionales de 115 cultivares modernos de trigo de invierno de cuatro países de Asia Central con germoplasmas de seis otros orígenes geográficos utilizando 10,746 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Después de aplicar el paquete STRUCTURE, encontramos que en términos de los pasos K más óptimos, las muestras de Kazajistán y Kirguistán se agruparon junto con las muestras de Rusia, mientras que las muestras de Tayikistán y Uzbekistán se agruparon con las muestras de Afganistán. El valor medio del índice de diversidad genética de Nei para el germoplasma de los cuatro grupos de Asia Central fue de 0.261, lo cual es comparable al de los seis otros grupos estudiados: Europa, Australia, EE. UU., Afganistán, Turquía y Rusia. El Análisis de Coordenadas Principales (PCoA) mostró que las muestras de Kirguistán, Tayikistán y Uzbekistán estaban cerca de las muestras de Turquía, mientras que los accesos kazajos se ubicaron cerca de las muestras de Rusia. La evaluación de 10,746 SNP en el trigo de Asia Central sugirió que 1006 marcadores tenían frecuencias alélicas opuestas. Una evaluación adicional de las posiciones físicas de estos 1006 SNP en la base de datos Wheat Ensembl indicó que la mayoría de estos marcadores son componentes de genes asociados con la tolerancia al estrés y la adaptabilidad de las plantas. Por lo tanto, los marcadores SNP identificados pueden ser utilizados de manera efectiva en proyectos de mejora del trigo de invierno regional para facilitar la adaptación de las plantas y la resistencia al estrés.