Las características limnológicas y la comunidad fitoplanctónica del embalse de Cachoeira Dourada se analizaron en diciembre de 2006, mayo de 2007 y noviembre de 2007. Se analizaron los cambios temporales en la composición taxonómica, la densidad, la diversidad y la dominancia de las especies en relación con factores climáticos y las características físicas y químicas del agua. Se encontró una correlación positiva entre algunas variables físicas y químicas y la comunidad fitoplanctónica. Según el CCA, variables como la extensión de la zona eufótica, la temperatura, el pH y las concentraciones de nitrógeno y fósforo afectaron directamente la dinámica del fitoplancton. Los organismos pertenecientes a la clase Cyanophyceae fueron los más representativos en todos los períodos de muestreo, abarcando los grupos funcionales K, S1, M y H. La hidrodinámica y las fluctuaciones estacionales de los factores ambientales fueron los factores determinantes de la composición y abundancia de las asociaciones de algas. A pesar de la prevalencia de cianobacterias, el embalse aún es oligotrófico. La ausencia de floraciones y la abundancia relativamente baja de poblaciones indicaron que la calidad del agua del embalse aún se encuentra dentro de los límites requeridos para sus múltiples usos.