El objetivo de este trabajo fue investigar los patrones de diversidad y abundancia de la comunidad de protozoos ciliados en tres arroyos urbanos tropicales y verificar qué especies pueden considerarse bioindicadoras de la calidad del agua. En cada arroyo, se muestrearon tres regiones (cabecera, parte media y desembocadura) durante dos años, en las estaciones lluviosa y seca. Se analizaron los factores abióticos (oxígeno disuelto, pH, temperatura, turbidez, ancho, profundidad, caudal y conductividad) y bióticos (coliformes totales, bacterioplancton, clorofila y flagelados) mediante métodos apropiados, y se identificaron y contabilizaron los ciliados a partir de la literatura especializada. Se identificaron 84 especies distribuidas en 24 órdenes. Peniculida fue el orden más representativo, seguido de Prorodontida. Los valores de RDA mostraron una diferencia espacial entre los arroyos. Por otro lado, en cuanto a la variación temporal, no se observó separación de los datos muestreados. El análisis de Indval mostró diez especies indicadoras, como Coleps hirtus, Euplotes moebiusi y Tintinidium pusillum. El análisis de conglomerados por arroyo versus período mostró una mayor distinción entre los arroyos en la estación seca. Por otro lado, se observó una baja similitud entre secciones dentro del mismo arroyo. En resumen, los resultados indicaron que los ciliados pueden utilizarse como importantes bioindicadores en ambientes lóticos afectados por diferentes grados de contaminación, debido a su corto ciclo de vida, lo que permite la detección de impactos a pequeña escala temporal, además de tener respuestas directas a los cambios ambientales y una alta sensibilidad a los contaminantes.