Este estudio evaluó las diferencias en la composición, abundancia y morfología de las amebas testadas entre diferentes hábitats del mismo ambiente acuático (plancton, macrófitos acuáticos y sedimentos) en la llanura aluvial del Alto Paraná. Se realizaron muestreos por triplicado mensualmente en cada hábitat entre abril de 2007 y marzo de 2008. La estructura de la comunidad de amebas testadas varió entre los hábitats. Las especies típicas de cada hábitat, según Indval, se clasificaron según la morfología de su concha. Arcella, junto con Difflugia gramen y Difflugia pseudogramem, fueron más abundantes en el plancton. Trinema y Phryganella destacaron por su abundancia y frecuencia en los macrófitos acuáticos. Centropyxis fue un indicador de sedimentos. Los resultados indicaron una mayor frecuencia de conchas hemisféricas y esféricas en el plancton, y de conchas esféricas y alargadas en los macrófitos acuáticos. En el sedimento, se observó una alta frecuencia de especies alargadas. Nuestros resultados respaldan la hipótesis de que la comunidad de amebas testadas presenta estructuras diferentes entre los hábitats, lo que refuta la idea de que la organización de esta comunidad en el plancton se rige por eventos aleatorios, como la resuspensión de organismos del sedimento y su desplazamiento de la vegetación marginal.