El crecimiento de los brotes axilares, un factor clave en la formación del rendimiento del arroz de rastrojo, está regulado por varias señales de fitohormonas. El mecanismo regulador de los genes clave subyacentes a los brotes de rastrojo en respuesta a las fitohormonas en el arroz de rastrojo ha sido menos reportado. En este estudio, se utilizó GR24 (un análogo de estrigolactona) para analizar las características de rastrojo en la variedad de arroz Huanghuazhan (HHZ). Los resultados muestran que la elongación de los brotes axilares en el arroz de la primera temporada fue significativamente inhibida y la tasa de rastrojo se redujo en hasta un 40% con el tratamiento de GR24. En comparación con el control, se pudo detectar una reducción significativa en el contenido de auxina y citoquinina en el segundo brote del espiga superior después del tratamiento con GR24, especialmente 3 días después del tratamiento. El análisis del transcriptoma sugirió que había al menos 742 y 2877 genes expresados diferencialmente (DEGs) dentro de las 6 h y 12 h de tratamiento con GR24, respectivamente. Un análisis bioinformático adicional reveló que el tratamiento con GR24 tuvo un efecto significativo en la homeostasis y la transducción de señales de citoquinina y auxina. Es notable que los niveles de expresión génica de , , , y , que están involucrados en el metabolismo de citoquinina o auxina, se vieron aumentados por el tratamiento de 12 h con GR24. En general, este estudio mostró que la red reguladora de genes de la homeostasis de auxina y citoquinina está regulada por estrigolactona en el crecimiento de brotes axilares del arroz de rastrojo, lo que resalta la importancia de estas vías biológicas en la regulación del crecimiento de brotes axilares en el arroz de rastrojo y proporcionaría apoyo teórico para la cría molecular del arroz de rastrojo.