La manzanilla (L.) es una planta económicamente valiosa con cierta adaptabilidad a la salinidad alcalina. Aquí, nuestro objetivo es comprender cómo el estrés salino afecta tanto la estructura como la diversidad de la comunidad microbiana del suelo y cómo los exudados de raíces pueden mediar esta respuesta. Los resultados mostraron que el tratamiento con alto estrés salino redujo la diversidad y abundancia general tanto de bacterias como de hongos, pero no alteró la presencia o abundancia de filos dominantes, incluyendo Proteobacteria, Acidobacteriota y Ascomycota. Varias especies microbianas pertenecientes a [nombres de especies], y [nombres de especies] se encontraron ser altamente resistentes al estrés salino, mientras que otras se encontraron ser altamente sensibles, incluyendo [nombres de especies], JG30-KF-AS9-sp, y [nombres de especies]. Los resultados del análisis de redundancia mostraron que las bacterias tienden a ser más sensibles a la presencia de iones de sal en el suelo, incluyendo SO, Ca y Na, mientras que los hongos son más sensibles a la presencia de ciertos exudados de raíces, incluyendo metil 4-metilbenzoato, -selineno. Se sugirió que la presencia de un conjunto relativamente estable de filos dominantes y el aumento de la abundancia de especies tolerantes a la sal y sus funciones ecológicas pueden estar relacionados con la tolerancia de la manzanilla al estrés salino. Los resultados respaldarán futuras mejoras en la tolerancia de la manzanilla al suelo salino costero mediante la alteración de la comunidad microbiana del suelo.