Cómo la sequía impacta la asignación de carbohidratos no estructurales (CNE) en permanece poco claro. En este estudio, las plántulas fueron sometidas a cuatro niveles de tratamiento de estrés por sequía durante un período experimental de 60 días, incluyendo humedad adecuada (CK), sequía leve (LD), sequía moderada (MD) y sequía severa (SD). Los CNE en agujas, tallos, raíces gruesas y raíces finas se midieron cada dos semanas. La distribución de CNE en las plántulas varió tanto con la intensidad como con la duración del estrés por sequía, con diferentes patrones específicos de órganos bajo un aumento del estrés por sequía. Antes de los primeros 15 días, la intensidad del estrés por sequía no tuvo un efecto significativo en los contenidos de CNE en agujas, tallos y raíces gruesas, pero disminuyó significativamente los contenidos de CNE en raíces finas. Entre los días 30 y 45, la intensidad del estrés por sequía no mostró un efecto significativo en el contenido de CNE en todos los órganos. Sin embargo, a los 60 días, en comparación con CK, las concentraciones de CNE en tallos bajo MD y SD aumentaron en un 47.92% y un 48.23%, mientras que las concentraciones de CNE en raíces finas disminuyeron en un 23.38% bajo condiciones de SD. Con la extensión de la duración de la sequía, los CNE en raíces gruesas aumentaron mientras que el contenido de CNE en raíces finas disminuyó bajo condiciones de SD. Nuestros resultados destacan el importante papel que juega la duración de la sequía en el control de la dinámica de CNE. Solo los CNE en raíces finas disminuyeron en la etapa inicial, y el día 60 emergió como un punto de inflexión en el que los cambios en el nivel de órgano de CNE se volvieron notables. Estos hallazgos proporcionan grandes perspectivas para entender la dinámica específica de CNE en órganos bajo estrés por sequía.