Se realizó un estudio de 56 días para examinar el efecto del agua dulce (FW) y el agua salobre (BW 6 salinidad) sobre la capacidad antioxidante, las actividades de Na+/K+-ATPasa (NKA), la histología y el transcriptoma del tejido branquial y renal en juveniles de carpa plateada. Los resultados muestran que cuando los juveniles de carpa plateada fueron expuestos a 6 de salinidad, las actividades de la superóxido dismutasa (SOD) y la catalasa (CAT) aumentaron significativamente, mientras que las actividades de la glutatión peroxidasa (GSH-PX) en las branquias no se vieron afectadas significativamente. En el tejido renal, las actividades enzimáticas de SOD, CAT y GSH-PX alcanzaron su punto máximo a las 24, 8 y 4 horas, respectivamente, pero no fueron significativamente diferentes en comparación con el grupo de control. Además, se observaron efectos significativos de la salinidad en el nivel de NKA tanto en los tejidos branquiales como renales. Los filamentos branquiales de los juveniles de carpa plateada bajo el grupo BW experimentaron cambios adversos en 72 horas, como grietas y rupturas en la parte principal de los filamentos branquiales, curvatura de las láminas branquiales y aumento de los espacios, así como un incremento en el número de células que secretan moco y cloruro. La secuenciación del transcriptoma mostró 171 y 261 genes en los tejidos branquiales y renales de los juveniles de carpa plateada en comparación con el grupo BW, respectivamente. Basado en sus anotaciones de ontología genética, los transcritos se clasificaron en cuatro grupos funcionales de genes, cada uno de los cuales puede desempeñar un papel en la tolerancia a la sal. Los sistemas involucrados en estos procesos incluyen metabolismo, transducción de señales, respuesta inmunoinflamatoria y transporte de iones. Los hallazgos anteriores indican que los procesos de regulación en los juveniles de carpa plateada bajo condiciones de agua salobre son complejos y multifacéticos. Estos procesos y mecanismos iluminan el mecanismo regulador de la osmolaridad de la carpa plateada y proporcionan una base teórica para futuras investigaciones sobre el crecimiento de la carpa plateada en áreas de acuicultura de agua salobre.