Los peces de cultivo están regularmente expuestos a diversos factores estresantes debido a las prácticas de cultivo, y su efecto en el contexto de un brote de enfermedad es incierto. Esta investigación evaluó los efectos del estrés repetido e impredecible en truchas arcoíris desafiadas con el ciliado, conocido por causar la enfermedad de los puntos blancos en peces de agua dulce. Antes y después de la exposición al patógeno, los peces fueron manipulados con una rotación aleatoria de tres procedimientos. A los 7 días post-infección (dpi), se evaluó la carga parasitaria en los peces y en el agua del tanque, y se investigaron las respuestas inmunitarias locales y sistémicas en las branquias y el bazo, respectivamente. La mortalidad de los peces se registró hasta los 12 dpi, cuando todos los peces de los grupos infectados murieron. No hubo diferencia estadística en la carga parasitaria (peces y agua del tanque) y la gravedad de la infección entre los dos grupos de peces infectados. El análisis de la expresión génica inmunitaria sugirió una respuesta inmunitaria diferencial entre las branquias y el bazo. En las branquias, se inició una respuesta inmunitaria de tipo 2 de células T helper, mientras que en el bazo se observó una respuesta inmunitaria de tipo 1 de células T helper. El estrés ha inducido principalmente regulaciones al alza de los genes inmunitarios en las branquias y regulaciones a la baja en el bazo. Nuestros resultados sugirieron que el protocolo de estrés repetido e impredecible empleado no afectó el sistema inmunológico de los peces.