La acuicultura es una industria importante a nivel mundial, ya que sigue siendo una de las alternativas significativas de suministro de proteínas animales para la humanidad. Sin embargo, el progreso de esta industria se ve obstaculizado por la creciente tasa de mortalidad de los peces, principalmente por brotes de enfermedades infecciosas. En consecuencia, el retroceso en la acuicultura resulta en que la economía de múltiples países se vea afectada debido a la disminución de los rendimientos de productos y su comercialización. Para 2025, se espera que la acuicultura contribuya aproximadamente con el 57% del consumo de pescado en todo el mundo. Sin un enfoque estratégico para frenar las enfermedades infecciosas, las crecientes demandas de la industria acuícola pueden no ser sostenibles y, por lo tanto, contribuir a la sobrepesca de peces salvajes. Recientemente, un nuevo enfoque holístico que utiliza plataformas multi-ómicas, incluyendo transcriptómica, proteómica y metabolómica, está desentrañando los intrincados mecanismos moleculares de la interacción huésped-patógeno. Este enfoque tiene como objetivo proporcionar una mejor comprensión de cómo mejorar la resistencia de las especies huésped. Sin embargo, no se ha publicado una revisión integral sobre las estrategias multi-ómicas en la decodificación de la etiología de enfermedades en peces y la regulación molecular. La mayoría de las publicaciones solo han cubierto omicas particulares y no se han descrito revisiones constructivas sobre los hallazgos de varias omicas en diferentes especies de peces, particularmente sobre sus sistemas inmunológicos, en otros lugares. Nuestra publicación anterior revisó la integración de la aplicación de omicas para comprender el mecanismo de la respuesta inmune de los peces debido a infecciones microbianas. Por lo tanto, esta revisión proporciona una compilación exhaustiva de los avances actuales en estrategias omicas para la gestión de enfermedades en peces en la industria acuícola. También se discute en esta revisión el descubrimiento de biomarcadores en varias enfermedades de los peces y su posible avance para complementar el progreso reciente en la lucha contra las enfermedades de los peces.