La cría de ganado orgánico se compromete a altos estándares ambientales y de bienestar animal, aunque pueden aparecer patologías como la diarrea post-destete (PWD). El objetivo principal de este estudio fue evaluar estrategias nutricionales para prevenir la PWD en lechones orgánicos. Un total de 134 lechones destetados fueron alimentados con una de tres dietas: alta en proteína cruda (17.8%, HCP), baja en proteína cruda (16.8%, LCP) y baja en proteína cruda suplementada con suero líquido (LCP+W). Los lechones fueron evaluados semanalmente durante cuatro semanas en los siguientes parámetros: incidencia de diarrea, parámetros de salud adicionales, ganancia diaria promedio y comportamiento. Se tomaron muestras fecales para analizar la composición de la microbiota intestinal. Los datos se analizaron utilizando modelos LMM y GLMM, así como los índices de Shannon y Whittaker. No se encontró un efecto significativo de la dieta sobre la incidencia de diarrea, pero la dieta LCP+W aumentó la ganancia diaria promedio. Los cerdos alimentados con la dieta LCP+W presentaron un menor porcentaje de comportamiento de bebida y comportamiento social negativo en comparación con la dieta HCP, y los cerdos LCP presentaron una mayor exploración en comparación con HCP. Además, los lechones LCP+W mostraron una mayor abundancia del género beneficioso. Aunque el suero líquido no redujo la incidencia de diarrea, los beneficios encontrados en el crecimiento, la composición de la microbiota y la reducción del comportamiento social negativo indican que podría ser un suplemento óptimo para las dietas orgánicas.