El virus del rugoso moteado marrón del tomate (ToBRFV) representa una amenaza significativa para la producción de tomate. La detección efectiva y precisa es fundamental para limitar la introducción y propagación de ToBRFV. En este estudio, se analizó de manera exhaustiva el impacto de los patrones de siembra del tomate, las etapas de crecimiento y la variabilidad de cultivares en los niveles de ToBRFV en tomates de invernaderos y campos abiertos distintos. Los resultados indicaron que ToBRFV es detectable en tejidos asintomáticos, independientemente de la agroinoculación artificial o la infección natural. Además, se observaron niveles virales más altos en hojas recién emergentes y en frutos y sépalos en comparación con hojas viejas. Para los frutos de tomate infectados con ToBRFV, el nivel viral en el mesocarpio es mayor que en otras partes interiores, y no se encontró correlación entre los niveles virales y el color de las lesiones de los frutos. Basándose en estos resultados, se recomienda que las hojas nuevas y los sépalos tengan prioridad para la prueba de ToBRFV desde plántulas de tomate hasta la etapa de cambio de color, y se sugiere recolectar los frutos y sépalos en la etapa de plena madurez de las plantas de tomate. Este estudio subraya la importancia de la detección regular y el muestreo óptimo más allá de la observación de síntomas en la vigilancia de ToBRFV.