El tomate (L.) se consume a nivel mundial como un vegetal fresco debido a su alto valor nutricional y propiedades antioxidantes. Sin embargo, las enfermedades transmitidas por el suelo pueden limitar severamente la producción de tomates. Estas enfermedades, como la marchitez bacteriana (BW), la marchitez por Fusarium (FW), la marchitez por Verticillium (VW) y los nematodos de nudos en las raíces (RKN), pueden reducir significativamente el rendimiento y la calidad de los tomates. El uso de agroquímicos para combatir estas enfermedades puede llevar a residuos químicos, resistencia a pesticidas y contaminación ambiental. Desafortunadamente, las variedades resistentes aún no están disponibles. Por lo tanto, debemos encontrar estrategias alternativas para proteger los tomates de estas enfermedades transmitidas por el suelo. Una de las soluciones más prometedoras es aprovechar las comunidades microbianas que pueden suprimir enfermedades y promover el crecimiento y la inmunidad de las plantas. Las recientes tecnologías ómicas y los avances en la secuenciación de nueva generación pueden ayudarnos a desarrollar estrategias basadas en microbiomas para mitigar las enfermedades transmitidas por el suelo en los tomates. Esta revisión enfatiza la importancia de enfoques interdisciplinarios para comprender la utilización de microbiomas beneficiosos para mitigar las enfermedades transmitidas por el suelo y mejorar la productividad de los cultivos.