Los mejoradores de plantas utilizan la selección asistida por marcadores (MAS) para identificar alelos favorables o desfavorables en plántulas desde temprano. En esta tarea, necesitan métodos que proporcionen la máxima información con la mínima inversión de tiempo y recursos económicos. La mejora de la vid, orientada a producir cultivares resistentes a patógenos, emplea varios loci de resistencia que son ideales para implementar MAS. En este trabajo, se desarrolló un protocolo de MAS sostenible basado en ADN no purificado (crudo), PCR multiplex de marcadores SSR y electroforesis capilar, y se describió su aplicación en plántulas de vid para seguir algunos loci principales de resistencia. El protocolo optimizado se utilizó en 8440 muestras y mostró alta eficiencia, un rendimiento razonable (2-3.2 min por muestra), fácil manejo, flexibilidad y costos tolerables (reducidos al menos 3.5 veces en comparación con un protocolo estándar). El análisis de datos alélicos no mostró limitaciones para la combinación y piramidación de loci, pero las distorsiones de segregación fueron frecuentes y mostraron tanto tasas bajas (no deseadas) como altas de herencia. El protocolo y los resultados presentados son herramientas útiles para los mejoradores de uva y más allá, y pueden abordar cambios sostenibles en MAS. Varias progenies generadas tienen resistencia piramidada valiosa y serán objeto de nuevos estudios e implementación en el programa de mejora.