Una estrategia basada en la familia TRIM para la predicción de objetivos TRIMCIV en un contexto de pan-cáncer con datos multi-ómicos e integración de acoplamiento de proteínas
Autores: Huang, Yisha; Xuan, Jiajia; Liang, Jiayan; Liu, Xixi; Luo, Yonglei; Gao, Xuejuan; Liu, Wanting
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Una estrategia basada en la familia TRIM para la predicción de objetivos TRIMCIV en un contexto de pan-cáncer con datos multi-ómicos e integración de acoplamiento de proteínas
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Rol
Proteínas
Interacciones
Cáncer
TRIMCIVtargeter
Objetivos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
La familia E3 TRIM juega un papel clave en el cáncer, pero identificar con qué proteínas interactúan es costoso y desafiante. Los métodos de predicción actuales tienen dificultades porque se basan en datos incompletos o pasan por alto cómo estas interacciones cambian en enfermedades como el cáncer. Para resolver este problema, estudiamos la subfamilia TRIM más grande (CIV), recopilando cientos de sus interacciones conocidas de experimentos anteriores. Observamos que las proteínas CIV se correlacionan consistentemente con los DEGs en los cánceres, a diferencia de otros miembros de TRIM. Usando este patrón, junto con características estructurales y datos específicos del cáncer, construimos una herramienta computacional llamada TRIMCIVtargeter para predecir nuevos objetivos CIV. Notablemente, nuestro enfoque evita suposiciones artificiales y tiene en cuenta el contexto de la enfermedad. Esta herramienta proporciona a los investigadores una forma más rápida y precisa de descubrir los mecanismos relacionados con TRIM en el cáncer, acelerando potencialmente el descubrimiento de nuevos objetivos terapéuticos. Al centrarse en tendencias biológicas del mundo real, TRIMCIVtargeter avanza nuestra comprensión de cómo estas proteínas contribuyen al cáncer y ofrece un marco para estudiar otras familias de proteínas en enfermedades.
Descripción
La familia E3 TRIM juega un papel clave en el cáncer, pero identificar con qué proteínas interactúan es costoso y desafiante. Los métodos de predicción actuales tienen dificultades porque se basan en datos incompletos o pasan por alto cómo estas interacciones cambian en enfermedades como el cáncer. Para resolver este problema, estudiamos la subfamilia TRIM más grande (CIV), recopilando cientos de sus interacciones conocidas de experimentos anteriores. Observamos que las proteínas CIV se correlacionan consistentemente con los DEGs en los cánceres, a diferencia de otros miembros de TRIM. Usando este patrón, junto con características estructurales y datos específicos del cáncer, construimos una herramienta computacional llamada TRIMCIVtargeter para predecir nuevos objetivos CIV. Notablemente, nuestro enfoque evita suposiciones artificiales y tiene en cuenta el contexto de la enfermedad. Esta herramienta proporciona a los investigadores una forma más rápida y precisa de descubrir los mecanismos relacionados con TRIM en el cáncer, acelerando potencialmente el descubrimiento de nuevos objetivos terapéuticos. Al centrarse en tendencias biológicas del mundo real, TRIMCIVtargeter avanza nuestra comprensión de cómo estas proteínas contribuyen al cáncer y ofrece un marco para estudiar otras familias de proteínas en enfermedades.