Los frutos de chile del género representan excelentes modelos experimentales para estudiar el crecimiento, desarrollo y procesos de maduración en una especie no climacterica a niveles fisiológicos, bioquímicos y moleculares. El crecimiento, desarrollo y maduración de los frutos implican una regulación compleja, armoniosa y finamente controlada de la expresión génica. El propósito de este estudio fue estimar los cambios en la diversidad y especialización del transcriptoma, así como las especificidades génicas durante el desarrollo del fruto en este cultivo, y ilustrar las ventajas de estimar estos parámetros. Para lograr estos objetivos, programamos y pusimos a disposición pública un paquete de R. En este estudio, aplicamos estos métodos a un conjunto de 179 bibliotecas de RNA-Seq de un experimento factorial que incluye 12 genotipos diferentes en varias etapas del desarrollo del fruto. Encontramos que la diversidad del transcriptoma disminuye linealmente desde la flor hasta el fruto maduro, mientras que su especialización sigue un comportamiento complejo y no lineal durante este proceso. Además, al definir conjuntos de genes con diferentes grados de especialización y aplicar análisis de enriquecimiento de Ontología Génica, identificamos procesos, funciones y componentes que juegan un papel central en etapas particulares del desarrollo del fruto. En conclusión, la estimación de la diversidad, especialización y especificidad resume las propiedades globales de los transcriptomas, proporcionando información que es difícil de lograr por otros medios.