Los manglares proporcionan una variedad de servicios ecosistémicos, que pueden estar relacionados con su complejidad estructural y su capacidad para almacenar carbono en la biomasa aérea (AGB). La cuantificación de AGB en manglares se ha realizado tradicionalmente utilizando métodos destructivos, que consumen mucho tiempo y son costosos; sin embargo, la técnica de Estructura a partir de Movimiento con Estéreo de Múltiples Vistas (SfM-MVS) combinada con imágenes de vehículos aéreos no tripulados (UAV) puede ofrecer una alternativa. Aquí, comparamos la capacidad de SfM-MVS con el escaneo láser terrestre (TLS) para capturar la estructura y el volumen del bosque en tres sitios de manglares de diferentes edades de pie y composición de especies. Describimos la estructura del bosque en términos de densidad de puntos, mientras que el volumen del bosque se estima como un proxy para AGB utilizando el método de diferenciación de superficie. En general, SfM-MVS capturó mal la estructura del bosque de manglares, pero fue eficiente en la captura de la altura del dosel para las estimaciones de volumen. Las diferencias en las estimaciones de volumen entre TLS y SfM-MVS fueron mayores en el sitio de edad juvenil (42.95%) que en los sitios de edad mixta (28.23%) o madura (12.72%), con una mayor densidad de troncos afectando la captura de puntos en ambos métodos. Estos resultados pueden utilizarse para informar evaluaciones no destructivas, rentables y oportunas de la estructura del bosque o AGB en manglares en el futuro.