La adaptación local ha estado cada vez más involucrada en la designación de estrategias de conservación de especies para responder al cambio climático. Los mamíferos marinos, como depredadores ápice, son sensibles al cambio climático, y su distribución espacial y requisitos de conservación son críticamente significativos para diseñar estrategias de protección. En este estudio, nos centramos en un mamífero marino que cría en el hielo, la foca manchada, que exhibe variaciones morfológicas y genéticas distintas a lo largo de su rango. Nuestros objetivos fueron cuantificar los nichos ecológicos de tres poblaciones de focas manchadas, construir el modelo a nivel de especie y modelos a nivel de población que representen diferentes regiones en la población de Bering (BDPS), población de Okhotsk (ODPS) y población del sur (SDPS), y realizar un análisis de brechas de conservación. Nuestros hallazgos demostraron de manera inequívoca una clara divergencia de nicho entre las tres poblaciones. Predijimos una contracción del hábitat para el BDPS y el ODPS impulsada por el cambio climático; en particular, las focas manchadas que habitan en la Bahía de Liaodong pueden enfrentar la pérdida de hábitat de cría. Sin embargo, la mayoría de los hábitats de las focas manchadas no están representados en las áreas marinas protegidas existentes. A partir de estos resultados, proponemos políticas de conservación adecuadas para proteger eficazmente el hábitat de las diferentes poblaciones geográficas de focas manchadas. Nuestra investigación aborda la importancia de incorporar la adaptación local en la modelización de la distribución de especies para informar estrategias de conservación y gestión.