La fase de pulso es la medición básica de la navegación basada en pulsar de rayos X, por lo que es importante cómo estimar una fase de pulso para una nave espacial en órbita. Los métodos actuales para la estimación de la fase de pulso en órbita podrían proporcionar un rendimiento de estimación preciso que mejora con la cantidad de fotones, pero el costo de tiempo de su unidad central de procesamiento (CPU) también aumenta drásticamente con el incremento de la cantidad de fotones. En este artículo, se propone un método de estimación de fase de pulso en órbita basado en el algoritmo de estimación de momento adaptativo de entropía cruzada (CE-Adam) para reducir el costo de tiempo de la CPU mientras se mantiene una precisión de estimación aceptable. Este método combina los algoritmos CE y Adam, y es capaz de obtener un óptimo global con un bajo costo de tiempo de CPU. El rendimiento del algoritmo propuesto se verifica mediante datos de simulación y datos reales del Detector de Composición Interna de Estrellas de Neutrones (NICER). Los resultados muestran que el algoritmo propuesto podría reducir significativamente el costo de tiempo de la CPU, que es aproximadamente el 1.5% del algoritmo CE, y mantener una precisión de estimación de la fase de pulso similar a la del algoritmo CE.