Caracterizar la diversidad genética del maíz (L.) por sus atributos morfológicos y moleculares permite ubicar las poblaciones en grupos específicos; facilitando así el diseño de procedimientos para su uso óptimo y sostenible. En este estudio, se analizaron datos de dos líneas de evidencia de manera simultánea para clasificar de manera robusta las poblaciones de maíz y determinar sus relaciones genéticas. Siete razas de maíz del altiplano central de México fueron caracterizadas mediante un análisis combinado de 13 rasgos morfológicos y 31 loci microsatélites. El germoplasma evaluado incluyó muestras de 119 accesiones mantenidas en bancos de germoplasma mexicanos. Se realizaron análisis de conglomerados y de componentes principales. Además, se determinaron las relaciones genéticas y geográficas entre las accesiones. El análisis de componentes principales separó las diferentes accesiones en grupos bien definidos utilizando los tres primeros componentes principales. Las accesiones de las razas Arrocillo Amarillo y Elotes Cónicos no mostraron un patrón de agrupamiento, lo que indica una mayor complejidad genética. Se obtuvieron agrupamientos y relaciones filogenéticas más fundamentadas cuando se utilizaron simultáneamente rasgos de ambas líneas de evidencia.