La navegación basada en pulsar de rayos X (XNAV) es un método de navegación autónoma prometedor, y la fase del pulso es la medición básica de XNAV. Sin embargo, los métodos actuales para estimar la fase del pulso para naves espaciales en órbita tienen un alto costo computacional. Este artículo propone un método de estimación de fase de pulso asistido por medición de ángulo estelar para naves espaciales en órbita terrestre alta (HEO), con el objetivo de reducir el costo computacional de la estimación de fase de pulso en XNAV. En este método de estimación de fase de pulso, el efecto causado por el movimiento orbital de la nave espacial se elimina aproximadamente mediante la medición del ángulo estelar. Además, se propone un método de navegación profundamente integrado que utiliza el pulsar de rayos X y el ángulo estelar. Las prestaciones del método de estimación de fase de pulso asistido por medición de ángulo estelar y del método de navegación integrada fueron verificadas mediante simulación. Los resultados de la simulación muestran que el método de estimación de fase de pulso propuesto puede manejar las señales de pulsars de milisegundos y lograr una estimación de fase de pulso con un costo computacional más bajo que los métodos actuales. Además, para naves espaciales HEO, el error de posición del método de navegación integrada propuesto es menor que el del método de navegación por ángulo estelar.