La reutilización de lodos de depuradora estabilizados (bajo condiciones termofílicas) y estiércol en suelos agrícolas es una práctica común. El objetivo de este estudio fue evaluar los riesgos asociados con sus aplicaciones repetidas en la propagación de bacterias patógenas y genes de resistencia a antibióticos (ARGs) que codifican resistencia a tetraciclina ( y ), sulfonamida ( y ), eritromicina (), vancomicina () y elemento genético integron (). Los campos de prueba han sido regularmente fertilizados cada 3 años desde 1996 con estiércol (MF; 330 kg N/ha) y lodos de depuradora (SF; 330 kg N/ha y SF3; 990 kg N/ha). El suelo sin fertilizar (CF) sirvió como control. Se recopilaron muestras en diferentes momentos: (i) justo antes de la fertilización (que también fue 3 años después de la última fertilización), (ii) 5 meses después de la fertilización y (iii) 11 meses después de la fertilización. La abundancia relativa de variantes de secuencias de amplicones (ASVs) asignadas a bacterias potencialmente patógenas fue baja (0,3% y 0,25% en lodos y estiércol, respectivamente), y no se encontró ninguna asociación con la aplicación de estos fertilizantes. Por otro lado, nuestros datos indican que un aumento en la abundancia relativa de los ARGs y estuvo significativamente asociado con estas aplicaciones de fertilizantes, y aumentó en todos los tratamientos independientemente del tiempo. Se sugiere que se debe monitorear en suelos fertilizados orgánicamente para prevenir su propagación y posible acumulación adicional en los cultivos.