Los anfibios constituyen el grupo de vertebrados más amenazado a nivel mundial. Sus interacciones con microorganismos simbióticos son cruciales para su salud, eficiencia reproductiva y adaptabilidad ambiental. Este artículo sintetiza marcos de evaluación sistemática y enfoques metodológicos para estudiar las interacciones entre anfibios y microbiota. También explora el impacto de factores ambientales y biológicos en las características de las comunidades microbianas simbióticas de los anfibios. Las trayectorias de investigación prioritarias deberían incluir: (1) establecer repositorios de especímenes curados con metadatos asociados, (2) elucidar mecanismos coevolutivos a través de enfoques filogenómicos, (3) intensificar investigaciones sobre microbiota específicas de nicho (por ejemplo, comunidades orofaríngeas y cloacales), (4) priorizar estudios sobre simbiontes de Gymnophiona, y (5) fomentar redes de colaboración globales. Estos esfuerzos son de gran importancia para comprender la complejidad de los sistemas simbióticos de los anfibios y mejorar la efectividad de la conservación de la biodiversidad de los anfibios. Estas iniciativas mejorarán nuestra comprensión de la simbiosis entre anfibios y microbios y mejorarán las estrategias de conservación para la biodiversidad de anfibios en peligro.