Los pequeños mamíferos, como los roedores y las musarañas, son hospedadores naturales de enfermedades zoonóticas, incluidos los protozoos parasitarios. Para evaluar el riesgo de protozoos parasitarios transmitidos por roedores en la República de Corea (ROK), este estudio investigó el estado de los protozoos parasitarios, a saber, , , y , en pequeños mamíferos. En total, se analizaron 331 muestras de sangre de pequeños mamíferos en busca de parásitos utilizando PCR y se secuenciaron. Las muestras fueron positivas para (23.9%; = 79) y (10%; = 33) pero no para . Los pequeños mamíferos de Seogwipo-si mostraron la tasa de infección más alta de (48.4%), mientras que la tasa de infección más alta se observó en aquellos de Gangneung-si (25.6%). Los datos de secuenciación revelaron que pertenecen a la cepa AKHA. El análisis filogenético de reveló los genotipos de EE. UU. y Kobe. Los pequeños mamíferos infectados por el tipo EE. UU. fueron detectados en todo el país, pero el tipo Kobe solo se detectó en Seogwipo-si. Hasta donde sabemos, esta es la primera encuesta nacional que confirmó y las infecciones a nivel de especie en pequeños mamíferos en la ROK e identificó el tipo Kobe de . Estos resultados proporcionan información valiosa para futuros estudios epidemiológicos moleculares sobre estos parásitos.