Los caladios son plantas prometedoras de follaje colorido debido a sus formas de hojas únicas y colores deslumbrantes. Hasta ahora, se han cultivado más de 2000 variedades en todo el mundo. La variación natural a largo plazo y la selección artificial han enriquecido los recursos de germoplasma en el mercado, pero han difuminado su base genética. En este estudio, se utilizaron 16 marcadores informativos EST-SSR para analizar 144 accesiones, indicando que 16 EST-SSRs podrían distinguir todos los genotipos con una probabilidad de identidad acumulativa mínima (PI) de 2.0 x 10. Utilizando el método de recocido simulado, se adquirió la información genética más rica con la misma proporción de compresión. Se seleccionó un núcleo final de 44 accesiones, que comprende el 30.6% de los individuos y retiene más del 95% de la información genética total. No se observaron diferencias significativas en las distribuciones de frecuencia alélica o en los parámetros de diversidad genética entre la colección central y la población entera. El análisis de conglomerados dividió aproximadamente las colecciones centrales en cuatro poblaciones, donde el 66.7% de los alelos privados se detectaron en Pop2. Finalmente, se establecieron huellas dactilares moleculares de ADN de 44 accesiones centrales, incluidas códigos de barras e identidades moleculares de código de respuesta rápida (QR). Los resultados sentarán una base teórica para identificar, preservar y utilizar los recursos de germoplasma.