Una red de agentes constituida por múltiples vehículos aéreos no tripulados (UAVs) está emergiendo como una tecnología prometedora con innumerables aplicaciones en los ámbitos militar, público y civil. Las limitaciones de potencia, memoria y tamaño de los UAVs, su naturaleza ultramóvil y los entornos operativos no confiables los hacen susceptibles a diversos ataques, incluidos los de captura física y clonación. Un protocolo de seguridad robusto y resiliente debería ser liviano y eficiente en recursos, además de proporcionar protección contra amenazas físicas y de manipulación. Este documento propone un protocolo de autenticación para un sistema multiagente basado en UAVs, resistente a diversas amenazas y adversarios, incluida una fuerte resistencia contra ataques de clonación y físicos. El protocolo propuesto se basa en una función físicamente no clonable (PUF), una primitiva de seguridad de hardware bien conocida que se utiliza para autenticación de bajo costo y generación de claves criptográficas. El análisis del enfoque propuesto muestra que proporciona una sólida protección contra diversos ataques, incluidos los de manipulación y clonación, y presenta escalabilidad y eficiencia energética.