La detección de microorganismos patógenos en ambientes acuáticos es de suma importancia para la salud pública. Dado que estas metodologías de laboratorio suelen ser complejas, costosas y laboriosas, con frecuencia se sustituyen por la evaluación de bacterias indicadoras fecales, como Escherichia coli. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la presencia de E. coli en muestras fecales de nutrias neotropicales, con el fin de evaluar su potencial como indicador fecal para la determinación de la calidad microbiológica del agua en zonas con alta densidad poblacional. Se analizaron veintiséis muestras fecales de nutria, recolectadas en la cuenca del río Alto Paranapanema, estado de São Paulo, Brasil, para detectar la presencia de E. coli mediante métodos bacteriológicos convencionales. Solo ocho muestras de heces (30%) dieron positivo para E. coli, lo que indica que este microorganismo no es un indicador fecal adecuado para evaluar la contaminación fecal del agua por nutrias neotropicales y no debe utilizarse para inferir la presencia de patógenos relacionados con las nutrias en las aguas.