Las ovejas son una especie vital en la economía agrícola global, proporcionando recursos esenciales como carne, leche y lana. Las ovejas Merino (tipo Junken) son una raza clave de ovejas de lana fina en China. Sin embargo, la investigación sobre las características de la lana fina ha pasado por alto en gran medida el papel de los SNP y su asociación con los fenotipos. Las variaciones en el número de copias (CNVs) han surgido como una de las fuentes más importantes de variación genética, influyendo en las características fenotípicas al alterar la expresión y la dosis de los genes. Para generar un mapa CNVR completo del genoma ovino, realizamos una detección de CNV a nivel del genoma utilizando datos de genotipado de 285 ovejas de lana fina. Este análisis reveló 656 CNVRs, incluyendo 628 en autosomas y 28 en el cromosoma X, cubriendo un total de 43.9 Mbs del genoma ovino. La proporción de CNVRs varió entre los cromosomas, desde el 0.45% en el cromosoma 26 hasta el 3.72% en el cromosoma 10. La anotación funcional a través de análisis de Gene Ontology (GO) y de la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas (KEGG) destacó términos GO significativamente enriquecidos, incluyendo unión a odorantes, unión a ATP y actividad de hidrolasa de éster sulfúrico. El análisis de KEGG identificó la participación en vías como la interacción ligando-receptor neuroactiva, la guía del axón, la interacción ECM-receptor, el pool de un carbono por folato y la adhesión focal (< 0.05). Para validar estos CNVRs, realizamos experimentos de PCR cuantitativa en tiempo real para verificar las predicciones de número de copias realizadas por el software PennCNV (v1.0.5). De 11 CNVRs seleccionados con estados de ganancia, pérdida o ganancia-pérdida predichos, 8 (IDs 68, 156, 201, 284, 307, 352, 411, 601) fueron confirmados con éxito. Este estudio marca un avance significativo en la cartografía de CNVs en el genoma ovino y ofrece un recurso valioso para futuras investigaciones sobre la variación genética en las ovejas.