La producción de alimentos a nivel global enfrenta desafíos por los patógenos de las plantas que causan pérdidas significativas en los cultivos. Los hongos, bacterias y virus han amenazado durante mucho tiempo la agricultura sostenible y rentable. El peligro es aún mayor en los cultivos hortícolas propagados vegetativamente, como el ajo. Actualmente, se utilizan la cuarentena, la eliminación de plantas infectadas y el control de vectores naturales como los principales medios de control de enfermedades y plagas en los cultivos de ajo. La biotecnología agrícola, la cultura de meristemos y la crioterapia ofrecen soluciones para la erradicación de virus y para la multiplicación de "stocks limpios", pero al mismo tiempo, impactan los componentes simbióticos y beneficiosos del microbioma del ajo. Nuestra investigación implica el primer análisis metatranscriptómico del microbioma del tejido del bulbo de ajo, análisis de PCR y un ensayo biológico de endófitos y patógenos. Hemos demostrado que los métodos de saneamiento in vitro, como la cultura de puntas de brotes o la crioterapia, pueden alterar el microbioma del ajo. La cultura de puntas de brotes resultó ineficaz en la eliminación de virus, pero redujo la carga bacteriana y eliminó infecciones fúngicas. Por el contrario, la crioterapia fue eficiente en la erradicación de virus, pero destruyó otros componentes del microbioma del ajo. Las plantas de ajo desinfectadas por crioterapia mostraron una tasa de supervivencia más baja y un período de regeneración in vitro más largo. Surge la pregunta de si la erradicación total de virus, a expensas de otra microflora, es necesaria, o si una reducción parcial de la carga patógena sería suficiente para la producción de ajo desinfectado. Exploramos esta cuestión desde perspectivas científicas y comerciales.