Actualmente, hay una investigación limitada sobre la diversidad genética del ciervo almizclero alpino, con una falta de estudios sistemáticos. Esta investigación recolectó un total de 409 muestras fecales de ciervos almizcleros alpinos en cautiverio en las Montañas Xinglong de la provincia de Gansu. Se secuenciaron segmentos de ADN mitocondrial, incluyendo D-loop y COI, y se compararon con datos disponibles de poblaciones silvestres. Los resultados mostraron una diversidad genética significativamente más baja en la población en cautiverio, con una reducción de la diversidad de haplotipos y nucleótidos, y la dominancia de un solo haplotipo (Hap4, 56.99%). Estos hallazgos indican un fuerte efecto fundador y deriva genética debido a la endogamia y aislamiento a largo plazo. Este estudio representa una evaluación integral de la diversidad genética de los ciervos almizcleros alpinos en cautiverio hasta la fecha y contribuirá a la conservación y mejora de la diversidad genética en poblaciones en cautiverio.