Los elementos transponibles (ETs) son secuencias de ADN móviles que pueden saltar de un locus genómico a otro y que han colonizado los genomas de todos los organismos vivos. La movilización y acumulación de ETs son una fuente importante de innovaciones genómicas que contribuyen en gran medida a la evolución de las especies huésped. Para asegurar su mantenimiento y amplificación, la transposición de ETs debe ocurrir en el genoma de las células germinales. Dado que la transposición de ETs también representa una amenaza importante para la integridad del genoma, el resultado de la movilidad de los ETs en los genomas de las células germinales podría ser altamente peligroso porque tales mutaciones son heredables. Así, los organismos han desarrollado estrategias especializadas para proteger la integridad del genoma de la transposición de ETs, particularmente en las células germinales. Este silenciamiento efectivo de los ETs, junto con las mutaciones en curso y la selección negativa, debería resultar en la eliminación completa de ETs funcionales de los genomas. Sin embargo, los ETs han desarrollado estrategias eficientes para su mantenimiento y propagación en las poblaciones, particularmente utilizando la transferencia horizontal para invadir el genoma de nuevas especies. Aquí, discutimos cómo los ETs logran eludir las maquinarias de silenciamiento del huésped para propagarse en su genoma y cómo los huéspedes participan en una lucha contra la invasión y propagación de los ETs. Esto muestra cómo los ETs y sus huéspedes han estado evolucionando juntos para lograr un equilibrio fino entre la transposición y la represión.