Epigenotipamos 211 individuos de 17 poblaciones utilizando polimorfismo de amplificación sensible a la metilación (MSAP) e investigamos las asociaciones de loci metilados (mMSAP) y no metilados (uMSAP) con 16 variables ambientales. Los datos sobre variación genética basados en polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP) se obtuvieron de un estudio anterior. Encontramos una correlación positiva significativa entre la variación genética y epigenética. Se encontraron medias significativamente más altas de mMSAP y uMSAP (heterocigosidad esperada no sesgada: 0.223 y 0.131, respectivamente, < 0.001) por locus que las estimadas basadas en AFLP (= 0.104). Los escaneos del genoma detectaron 10 mMSAP y 9 uMSAP atípicos asociados con varias variables ambientales. Se encontró un ajuste lineal significativo para 11 y 12 variables ambientales con la ordenación de mMSAP y uMSAP atípicos, respectivamente, generada utilizando análisis de redundancia del modelo completo (RDA). Cuando se condicionó a la geografía, el RDA parcial reveló que cinco y seis variables ambientales, respectivamente, eran las más importantes que influían en la variación de mMSAP y uMSAP atípicos. Encontramos una diferenciación genética más alta (promedio = 0.298) que epigenética (promedio de mMSAP y uMSAP = 0.044 y 0.106, respectivamente) y una mayor aislamiento genético por distancia (IBD) que IBD epigenético. Se encontró un fuerte aislamiento epigenético por ambiente (IBE), particularmente basado en los datos atípicos, controlando ya sea por geografía (mMSAP y uMSAP = 0.128 y 0.132, respectivamente, = 0.001) o por estructura genética (mMSAP y uMSAP = 0.105 y 0.136, respectivamente, = 0.001). Nuestros resultados sugieren que los variantes epigenéticos pueden ser sustratos para la selección natural vinculada a variables ambientales y complementan los cambios genéticos en la evolución adaptativa de las poblaciones.