Los animales del zoológico, que albergan enfermedades protozoales gastrointestinales zoonóticas, representan peligros potenciales para la seguridad de los visitantes y los cuidadores de animales. Este estudio involucró la recolección y examen de 400 muestras fecales frescas de 68 especies animales, obtenidas de cinco zoológicos. El objetivo de este estudio fue determinar la ocurrencia, características genéticas y potencial zoonótico de los protistas gastrointestinales comunes. Se realizó un análisis de PCR o PCR anidada en estas muestras para detectar cuatro parásitos específicos: spp., , , y spp. La prevalencia general de fue del 0.5% (2/400), fue del 6.0% (24/400), spp. fue del 24.5% (98/400), y fue del 13.5% (54/400). , spp., y fueron detectados en todos los zoológicos, exhibiendo varios genotipos o subtipos zoonóticos. Las muestras positivas a mostraron tres ensamblajes (D, E y B). Se identificaron subtipos de spp. (ST1, ST2, ST3, ST4, ST5, ST8, ST10, ST13 y ST14) y un subtipo desconocido (ST). Se identificaron un total de 12 genotipos de , incluyendo SC02, BEB6, Tipo IV, pigEBITS 7, Peru8, PtEb IX, D, CD9, EbpC, SCBB1, CM4 y CM7. Además, se observaron diferencias significativas en las tasas positivas entre diferentes zoológicos ( < 0.01). Los hallazgos indican que los animales del zoológico en China están afectados por una variedad de infecciones por protozoos intestinales. Enfatizar la identificación molecular para especies o genotipos de parásitos específicos es crucial para una mejor comprensión del riesgo zoonótico. Prevenir y controlar las enfermedades parasitarias en los zoológicos no solo es vital para la protección y gestión del zoológico, sino que también tiene importantes implicaciones para la salud pública.