El adenovirus aviar 1 (FAdV-1) es la principal causa de erosión de la molleja en pollos. La secuenciación del genoma completo y los análisis de secuencia de 32 cepas de FAdV-1 de una colección global proporcionaron evidencia de que han ocurrido múltiples eventos de recombinación a lo largo de todo el genoma. En las filogenias por genes, solo el gen pol adenoviral formó una topología arbórea que correspondía a la filogenia basada en el genoma completo. No se identificaron características genéticas del virus que estuvieran claramente relacionadas con la erosión de la molleja en nuestros análisis. Sin embargo, algunas variantes del genoma tendieron a ser identificadas con mayor frecuencia en aves con erosión de la molleja, y las cepas aisladas de aves sanas o aves con patologías no específicas tendieron a formar grupos comunes en múltiples filogenias de genes. Nuestros datos muestran que la diversidad genética es mayor y los mecanismos evolutivos son más complejos dentro de FAdV-1 de lo que se pensaba anteriormente. Las implicaciones de estos hallazgos para la patogénesis viral y la epidemiología esperan una investigación adicional.