Las monooxigenasas flavoproteicas crean compuestos valiosos que son de gran interés para las industrias química, farmacéutica y agroquímica, entre otras. Las monooxigenasas que utilizan flavina como cofactor son sistemas de uno o dos componentes. Aquí resumimos el conocimiento actual sobre las monooxigenasas dependientes de dinucleótido de flavina adenina (FAD) de dos componentes y describimos su relevancia biotecnológica. Las monooxigenasas dependientes de FAD de dos componentes catalizan reacciones de hidroxilación, epoxidación y halogenación y están involucradas fisiológicamente en el metabolismo de aminoácidos, la mineralización de compuestos aromáticos y la biosíntesis de metabolitos secundarios. El componente monooxigenasa de estas enzimas es estrictamente dependiente de FAD reducido, que es suministrado por el componente reductasa. Cada vez más representantes de monooxigenasas dependientes de FAD de dos componentes han sido descubiertos y caracterizados en los últimos años, lo que ha resultado en la identificación de nuevos roles fisiológicos, propiedades funcionales y una variedad de oportunidades biocatalíticas.