Desarrollo de un ensayo LAMP en tiempo real en campo para la detección rápida del virus de la curvatura de la hoja del tomate de Nueva Delhi
Autores: Caruso, Andrea Giovanni; Ragona, Arianna; Bertacca, Sofia; Montoya, Mauricio Alejandro Marin; Panno, Stefano; Davino, Salvatore
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Desarrollo de un ensayo LAMP en tiempo real en campo para la detección rápida del virus de la curvatura de la hoja del tomate de Nueva Delhi
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Curl de hoja de tomate
ToLCNDV
Ensayo LAMP
Gen AV1
Sensibilidad
Especificidad
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
El virus de la curvatura de la hoja del tomate de Nueva Delhi (ToLCNDV) representa una amenaza para cultivos hortícolas económicamente importantes. Se desarrolló un ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle en tiempo real (LAMP) para la detección de ToLCNDV en campo, acoplado a un método de preparación de muestras rápida, y se probó tanto en condiciones de campo como de laboratorio en muestras de calabacín, tomate y pimiento. Se diseñó un conjunto de seis cebadores LAMP para la detección específica de ToLCNDV, dirigido a una secuencia de 218 nucleótidos dentro del gen AV1. Se evaluaron la sensibilidad, especificidad y precisión del ensayo LAMP en tiempo real y se comparó con la PCR canónica. El ensayo LAMP en tiempo real desarrollado fue aproximadamente mil veces más sensible que el método convencional de PCR, detectando un total de 4.41 x 10 copias del genoma como objetivo mínimo; no se detectó reactividad cruzada con los otros geminivirus utilizados como grupo externo. El método de preparación de muestras rápida permite una detección confiable con un bajo retraso en la reacción (~2-3 min) en comparación con la extracción de ADN canónica, proporcionando resultados en menos de 45 min. Por último, se observó un aumento en la detección de muestras positivas para ToLCNDV en comparación con la PCR, en particular para plantas asintomáticas (85% y 71.6%, respectivamente). El ensayo LAMP en tiempo real desarrollado es una técnica rápida, simple, específica y sensible para la detección de ToLCNDV, y puede adoptarse como una prueba de rutina, tanto en condiciones de campo como de laboratorio.
Descripción
El virus de la curvatura de la hoja del tomate de Nueva Delhi (ToLCNDV) representa una amenaza para cultivos hortícolas económicamente importantes. Se desarrolló un ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle en tiempo real (LAMP) para la detección de ToLCNDV en campo, acoplado a un método de preparación de muestras rápida, y se probó tanto en condiciones de campo como de laboratorio en muestras de calabacín, tomate y pimiento. Se diseñó un conjunto de seis cebadores LAMP para la detección específica de ToLCNDV, dirigido a una secuencia de 218 nucleótidos dentro del gen AV1. Se evaluaron la sensibilidad, especificidad y precisión del ensayo LAMP en tiempo real y se comparó con la PCR canónica. El ensayo LAMP en tiempo real desarrollado fue aproximadamente mil veces más sensible que el método convencional de PCR, detectando un total de 4.41 x 10 copias del genoma como objetivo mínimo; no se detectó reactividad cruzada con los otros geminivirus utilizados como grupo externo. El método de preparación de muestras rápida permite una detección confiable con un bajo retraso en la reacción (~2-3 min) en comparación con la extracción de ADN canónica, proporcionando resultados en menos de 45 min. Por último, se observó un aumento en la detección de muestras positivas para ToLCNDV en comparación con la PCR, en particular para plantas asintomáticas (85% y 71.6%, respectivamente). El ensayo LAMP en tiempo real desarrollado es una técnica rápida, simple, específica y sensible para la detección de ToLCNDV, y puede adoptarse como una prueba de rutina, tanto en condiciones de campo como de laboratorio.