Ensamblajes genómicos de dos especies: duplicación génica relacionada con su adaptación evolutiva
Autores: Liu, Pan-Pan; Yu, En-Ping; Tan, Zong-Jian; Sun, Hong-Mei; Zhu, Wei-Guang; Wang, Zheng-Feng; Cao, Hong-Lin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Ensamblajes genómicos de dos especies: duplicación génica relacionada con su adaptación evolutiva
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Género
Historia evolutiva
Filogenia
Mecanismos biogeográficos
Ensamblajes genómicos
Especies
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
es un género de la familia Fabaceae que muestra una historia evolutiva distinta debido a su típico patrón de distribución disyuntiva tropical asiático-americano. Sin embargo, tanto su filogenia como sus mecanismos biogeográficos no han sido completamente resueltos. Además, las especies tienen un gran potencial económico y ecológico en las industrias de la madera y artesanía (utilizando sus atractivas semillas), reforestación y medicina popular (debido a sus flavonoides, alcaloides y terpenoides), lo que las hace muy valiosas en la investigación, especialmente desde una perspectiva genómica. Reportamos los ensamblajes del genoma de dos especies comunes, y , en el sur de China, utilizando tanto lecturas de secuenciación largas como cortas. Los ensamblajes del genoma de y comprendieron 90 contigs con una longitud total de 1,420,917,605 pb y 63 contigs con una longitud total de 1,511,766,959 pb, respectivamente. La evaluación de Orthologs Únicos de Copia Universal (BUSCO) reveló un 97.0% y un 98.3% de completitud de los ensamblajes de y, respectivamente. Los ensamblajes contienen 48,599 y 52,067 genes codificantes de proteínas, respectivamente. Los análisis filogenéticos utilizando 1032 genes de copia única con 19 especies indicaron que están estrechamente relacionados con . Investigamos genes relacionados con hormonas vegetales, señalización, el ritmo circadiano, factores de transcripción y metabolitos secundarios derivados del genoma completo y de duplicaciones tándem y proximales, lo que indica que estas duplicaciones deberían desempeñar roles importantes en el crecimiento, desarrollo y defensa de las especies. Hasta donde sabemos, nuestro estudio es el primer informe sobre ensamblajes del genoma. Esta información facilitará análisis filogenéticos y biogeográficos y la cría de especies en el futuro.
Descripción
es un género de la familia Fabaceae que muestra una historia evolutiva distinta debido a su típico patrón de distribución disyuntiva tropical asiático-americano. Sin embargo, tanto su filogenia como sus mecanismos biogeográficos no han sido completamente resueltos. Además, las especies tienen un gran potencial económico y ecológico en las industrias de la madera y artesanía (utilizando sus atractivas semillas), reforestación y medicina popular (debido a sus flavonoides, alcaloides y terpenoides), lo que las hace muy valiosas en la investigación, especialmente desde una perspectiva genómica. Reportamos los ensamblajes del genoma de dos especies comunes, y , en el sur de China, utilizando tanto lecturas de secuenciación largas como cortas. Los ensamblajes del genoma de y comprendieron 90 contigs con una longitud total de 1,420,917,605 pb y 63 contigs con una longitud total de 1,511,766,959 pb, respectivamente. La evaluación de Orthologs Únicos de Copia Universal (BUSCO) reveló un 97.0% y un 98.3% de completitud de los ensamblajes de y, respectivamente. Los ensamblajes contienen 48,599 y 52,067 genes codificantes de proteínas, respectivamente. Los análisis filogenéticos utilizando 1032 genes de copia única con 19 especies indicaron que están estrechamente relacionados con . Investigamos genes relacionados con hormonas vegetales, señalización, el ritmo circadiano, factores de transcripción y metabolitos secundarios derivados del genoma completo y de duplicaciones tándem y proximales, lo que indica que estas duplicaciones deberían desempeñar roles importantes en el crecimiento, desarrollo y defensa de las especies. Hasta donde sabemos, nuestro estudio es el primer informe sobre ensamblajes del genoma. Esta información facilitará análisis filogenéticos y biogeográficos y la cría de especies en el futuro.