Las lentejas (sp.) son una de las principales fuentes de proteína para los humanos en muchas regiones, en parte porque su rusticidad les permite resistir climas semi-secos y tolerar un amplio espectro de plagas. Ambas son atributos muy buscados para enfrentar el cambio climático. Los accesos silvestres, en lugar de las variedades cultivadas, suelen ser los portadores de alelos más influyentes para rasgos de rusticidad. Sin embargo, la mayoría de la investigación genómica y transcriptómica realizada en lentejas se ha llevado a cabo en accesos comerciales (.), mientras que los parientes silvestres han sido ampliamente descuidados. Aquí, ensamblamos, anotamos y evaluamos los transcriptomas de ocho accesos de lentejas, incluidos los cultivados y los parientes silvestres: ., ., ., ., ., y dos . . Los ensamblajes permitieron, por primera vez, una comparación entre diferentes taxones de lentejas a nivel de secuencia codificante, proporcionando más información sobre las relaciones evolutivas entre el germoplasma cultivado y silvestre y sugiriendo un agrupamiento de los siete accesos en al menos tres posibles grupos génicos. Además, el agrupamiento ortólogo permitió una primera estimación del pan-transcriptoma de lentejas. Está compuesto por 15,910 genes centrales, codificados en todos los accesos, y 24,226 genes accesorios. Los diferentes grupos del pan-transcriptoma también fueron examinados en busca de enriquecimiento de dominios Pfam. Este estudio tiene una gran novedad, ya que es el primer análisis de pan-transcriptoma utilizando seis especies silvestres además de especies cultivadas. Debido a la cantidad de secuencias de transcripción proporcionadas, nuestros hallazgos impulsarán en gran medida la investigación de lentejas y ayudarán en los esfuerzos de mejoramiento.