Este estudio tuvo como objetivo analizar la composición y los atributos ecológicos de las asociaciones fitoplanctónicas en cuatro lagunas laterales y en el cauce principal del embalse Rosana (río Paranapanema, sureste de Brasil). El trabajo de campo se llevó a cabo en septiembre y noviembre de 2004 y en enero, marzo, mayo y agosto de 2005. Se identificaron 283 taxones. Zygnemaphyta fue el grupo más especioso, seguido de Chlorophyta y Bacillariophyta. Se observó mayor riqueza, abundancia y biomasa en las lagunas en comparación con el punto de muestreo del río-embalse, especialmente durante el período lluvioso. Cryptophyceae y Bacillariophyceae predominaron numéricamente. Cryptomonas brasiliensis Castro y Bicudo fueron las principales especies de fitoplancton en términos de abundancia y frecuencia de presencia. Se discute la dinámica de los taxones más importantes y los resultados muestran que las asociaciones fitoplanctónicas se ven influenciadas principalmente por factores meteorológicos y la disponibilidad de nutrientes (principales factores impulsores). Los análisis de correlación indican que la abundancia de las asociaciones está limitada por nutrientes (nitrógeno y fósforo). La abundancia fitoplanctónica influye positivamente en la abundancia zooplanctónica, lo que indica la prevalencia de rutas de control ascendentes en el sistema de lagunas laterales. Los resultados validan la hipótesis de que las lagunas laterales desempeñan un papel ecológico destacado en la diversidad fitoplanctónica, como ya se ha demostrado previamente para peces y zooplancton. Por lo tanto, la incorporación de las lagunas laterales en los programas ambientales debería ser una estrategia clave para la conservación de la biota acuática regional, minimizando el impacto negativo de la presa.