El frijol arroz es un cultivo de legumbres subutilizado que se cultiva en Asia y es una buena fuente de proteínas, minerales y ácidos grasos esenciales para el consumo humano. Además, las hojas que quedan después de cosechar las semillas de frijol arroz contienen varios componentes biológicos beneficiosos para humanos y animales. En nuestro estudio, realizamos una ensamblaje de transcriptoma de novo del frijol arroz, caracterizamos los factores de transcripción WRKY y estudiamos su respuesta al estrés por aluminio. Se generaron un total de 46.6 millones de lecturas limpias, con un valor de GC del 43%, a través de la secuenciación del transcriptoma. El ensamblaje de novo de las lecturas limpias resultó en 90,933 transcritos y 74,926 unigenes, con longitudes mínimas y máximas de 301 pb y 24,052 pb, y valores N50 de 1801 pb y 1710 pb, respectivamente. Un total de 27,095 y 28,378 unigenes fueron anotados y sometidos a análisis de GO y KEGG. Entre los unigenes, se identificaron 15,593, 20,770 y 15,385 unigenes en los dominios de proceso biológico, función molecular y componente celular, respectivamente. Un total de 16,132 unigenes fueron asignados a 188 rutas, incluyendo rutas metabólicas (5500) y biosíntesis de metabolitos secundarios (2858). El análisis de factores de transcripción reveló 4860 unigenes de 98 familias diferentes de factores de transcripción. Para WRKY, se identificaron un total de 95 unigenes. Un análisis adicional reveló la diversa respuesta de los factores de transcripción WRKY al estrés por aluminio. En conjunto, los resultados de este estudio aumentan los recursos genómicos y proporcionan una base para futuras investigaciones sobre el papel de los factores de transcripción WRKY en la tolerancia al aluminio en el frijol arroz.