Ensamblaje y análisis de plastomas para 15 cultivares de papa cultivados en Rusia
Autores: Karetnikov, Dmitry I.; Salina, Elena A.; Kochetov, Alex V.; Afonnikov, Dmitry A.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Ensamblaje y análisis de plastomas para 15 cultivares de papa cultivados en Rusia
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Cloroplastos
ADN
Fotosíntesis
Diversidad genética
Filogenia
Papa
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 35
Citaciones: Sin citaciones
Los cloroplastos son organelos importantes en una célula vegetal, que tienen su propio ADN (cpADN), transmitido solo a través de la línea femenina, y realizan la función de la fotosíntesis. La determinación del ADN de cloroplasto es de interés en el estudio de la diversidad genética y filogenia de las papas, y de la esterilidad citoplasmática, así como para aplicaciones en biotecnología e ingeniería genética. Aquí, reconstruimos los plastomas completos de 15 cultivares de papa cultivados en Rusia. Nuestro análisis nos permitió determinar la composición y ubicación de genes para estos ADN de plastidio. Se mostró que el genoma de plastidio contiene regiones altamente variables y poco variables. La región en la posición 63,001-68,000 nt tiene la mayor variabilidad. Determinamos los tipos de cpADN basados en enfoques in silico: 10 cultivares tienen cpADN del tipo W y 5 cultivares tienen cpADN del tipo T. La diversidad genética del ADN de plastidio para estos cultivares de papa fue analizada junto con los plastomas previamente reconstruidos de accesiones sudamericanas, cultivares comerciales europeos/norteamericanos y cultivares de papa criados en la región de los Urales. Los resultados muestran que los ADN de plastidio del mismo tipo forman grupos por similitud de secuencia, en acuerdo con estudios previos.
Descripción
Los cloroplastos son organelos importantes en una célula vegetal, que tienen su propio ADN (cpADN), transmitido solo a través de la línea femenina, y realizan la función de la fotosíntesis. La determinación del ADN de cloroplasto es de interés en el estudio de la diversidad genética y filogenia de las papas, y de la esterilidad citoplasmática, así como para aplicaciones en biotecnología e ingeniería genética. Aquí, reconstruimos los plastomas completos de 15 cultivares de papa cultivados en Rusia. Nuestro análisis nos permitió determinar la composición y ubicación de genes para estos ADN de plastidio. Se mostró que el genoma de plastidio contiene regiones altamente variables y poco variables. La región en la posición 63,001-68,000 nt tiene la mayor variabilidad. Determinamos los tipos de cpADN basados en enfoques in silico: 10 cultivares tienen cpADN del tipo W y 5 cultivares tienen cpADN del tipo T. La diversidad genética del ADN de plastidio para estos cultivares de papa fue analizada junto con los plastomas previamente reconstruidos de accesiones sudamericanas, cultivares comerciales europeos/norteamericanos y cultivares de papa criados en la región de los Urales. Los resultados muestran que los ADN de plastidio del mismo tipo forman grupos por similitud de secuencia, en acuerdo con estudios previos.