En este estudio, presentamos el primer genoma mitocondrial completamente ensamblado de un endémico del Himalaya. El genoma circular abarca 475,105 pb, tiene un contenido de GC del 44.80% y codifica 74 genes. Presenta un fuerte sesgo hacia el AT y está enriquecido en elementos repetitivos, incluidos SSR, repeticiones en tándem y repeticiones dispersas. El análisis del uso de codones revela una marcada preferencia por codones específicos, probablemente moldeada por la composición AT del genoma, la disponibilidad de tRNA y la eficiencia de traducción. Los eventos de edición de RNA convierten predominantemente aminoácidos hidrofílicos en aminoácidos más hidrofóbicos. La reconstrucción filogenética apoya las relaciones aceptadas dentro de la especie y descubre extensos reordenamientos del orden de los genes en el genoma mitocondrial. Notablemente, detectamos transferencia de genes a gran escala entre la mitocondria y el cloroplasto. Las métricas de Ka/Ks y diversidad de nucleótidos indican que la mayoría de los genes mitocondriales están bajo selección purificadora, aunque algunos muestran signos de selección positiva. En conjunto, estos hallazgos refinan nuestra comprensión de la arquitectura, evolución y función mitocondrial de las plantas, y proporcionan un recurso valioso para la mejora genética y conservación de especies.