(Kratom) es una planta narcótica tropical nativa del sudeste asiático con propiedades farmacológicas únicas. Aquí, informamos sobre la primera ensambladura a escala cromosómica del genoma. Empleamos secuenciación PacBio para obtener una ensambladura preliminar, que fue posteriormente estructurada utilizando la técnica de mapeo de contacto de cromatina (Hi-C) en 22 pseudomoléculas. La ensambladura final fue de 692 Mb con un N50 de andamiaje de 26 Mb. Anotamos un total de 39,708 genes codificadores de proteínas, y nuestras predicciones de genes recuperaron el 98.4% de los ortólogos altamente conservados según el análisis BUSCO. El análisis filogenético reveló que divergió de los últimos ancestros comunes hace aproximadamente 47.6 millones de años. Nuestro análisis de la divergencia de secuencia en sitios de degeneración cuádruple de pares de genes ortólogos proporcionó evidencia que apoya una duplicación a nivel genómico en, coincidiendo con el informe de que los miembros del género son tetraploides. Los análisis de STRUCTURE y de componentes principales demostraron que las 85 accesiones incluidas en este estudio eran una mezcla de dos subpoblaciones. La disponibilidad de nuestra ensambladura del genoma a nivel cromosómico de alta calidad y los recursos transcriptómicos serán útiles para futuros estudios sobre la vía de biosíntesis de alcaloides, así como para estudios filogenéticos comparativos en y especies relacionadas.