es una planta medicinal y ornamental rara y preciosa de la familia Orchidaceae. Se han observado abundantes características morfológicas entre los accesos cultivados. Nuestra comprensión de la base genética de la diversidad morfológica es limitada debido a la falta de datos de secuencia y genes candidatos. En este estudio, se generó un ensamblaje de transcriptoma de novo de alta calidad. Se obtuvieron un total de 138,385 unigenes, y un análisis BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) mostró una completitud del ensamblaje del 98.8%. Se utilizaron múltiples bases de datos para obtener una anotación integral, y los unigenes fueron categorizados funcionalmente utilizando las bases de datos GO (Gene Ontology), KOG (Eukaryotic Orthologous Groups), KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) y Nr. Después de comparar las características fenotípicas de cinco cultivares representativos, se identificó un conjunto de unigenes altamente expresados y específicos de cultivar basado en un análisis de transcriptoma comparativo. Luego, se realizó un WGCNA (Weighted Gene Co-expression Network Analysis) para generar módulos regulatorios de genes relacionados con el contenido de clorofila (rojo) y la actividad de la sacarosa sintasa (negro). Además, se analizó la expresión de seis y cuatro genes de enriquecimiento GO en los módulos rojo y negro, respectivamente, utilizando qRT-PCR para determinar sus posibles roles funcionales en las hojas de los cinco cultivares. Finalmente, en el análisis in silico de SSR (Simple Sequence Repeat) del transcriptoma ensamblado se identificaron 44,045 SSRs. Los mononucleótidos fueron la clase más dominante de SSRs, seguidos por SSRs complejos. En resumen, este estudio informa sobre los recursos fenómicos y genómicos, combinando el desarrollo y validación de marcadores SSR. Este informe ayuda en las evaluaciones de diversidad morfológica.